AFAP nació en La Paz a partir de la iniciativa de familiares de pacientes atendidos en el Centro de Rehabilitación y Salud Mental San Juan de Dios, quienes comenzaron a organizarse para apoyarse mutuamente y buscar mejores condiciones para sus familiares.
La referencia a San Juan de Dios en la denominación legal de la asociación responde a este origen histórico. AFAP es una organización independiente y no forma parte de la Orden Hospitalaria de San Juan de Dios.
Con los años, la comunidad fue creciendo. Actualmente AFAP cuenta con filiales y participación en otros departamentos de Bolivia y continúa fortaleciendo su presencia y articulación a nivel nacional.